Curs de Bioinformàtica per a la Recerca Biomèdica

Date:
19/11/2018 09:00 - 03/12/2018 13:20
Institution:
VHIR
Venue:
Aula d’informàtica del Mòdul Sud de la Facultat de Medicina (Pavelló Docent) de l'Hospital Universitari Vall d'Hebron.
Type of Event:
Course
Language:
Spanish
Registration website:
Inscripcions clicant en aquest enllaç
Website:
Web Curs Bioinformatica per a la Recerca Biomèdica 2018
Document:
Download

Summary

La recerca biomèdica moderna necessita sovint fer servir informació de diverses menes; per exemple sobre estructures, seqüències, anotacions o funcions de diferents tipus d'entitats i components biològics. Molta d'aquesta informació es troba disponible en bases de dades públiques i el domini de les eines per accedir-hi i recuperar-ne la informació necessària és una habilitat cada cop més imprescindible entre els investigadors en biomedicina.

D'altra banda les tècniques de biologia molecular moderna permeten generar, en poc temps i amb poc cost, grans quantitats de dades relacionades amb les anomenades ciències "òmiques" que els investigadors necessiten poder manegar i analitzar. Si bé algunes d'aquestes anàlisis poden ser complexes i requerir de personal especialitzat (http://ueb.vhir.org) n'hi ha d'altres que, amb els coneixements i els recursos adequats, són relativament senzilles de dur a terme.

Description / Information

Continguts

Els continguts del curs són els següents:

Sessió 1: 19 de novembre

Introducció a la bioinformàtica i a les bases de dades en biologia molecular:

  • Els problemes que tracta la bioinformàtica

  • Aplicacions de la bioinformàtica en biomedicina

Bases de dades en biologia molecular. Cerca i consulta d'informació:

  • Navegadors genòmics: Ensembl, UCSC

  • Repositori de dades òmiques: GTEx, TGCA, GEO, COSMIC

Sessió 2: 21 de novembre

Introducció a les tecnologies de 'next generation sequencing' (NGS):

  • De la seqüenciació Sanger al NGS. Seqüenciació de segona i tercera generació.

  • Aplicacions de la NGS en la biologia i biomedicina.

Treballant amb dades de NGS. Primeres passes:

  • El projecte Galaxy: Plataforma web per a l'anàlisis i la recerca biomèdica.

  • Pre-processat de seqüències i controls de qualitat amb Galaxy

Sessió 3: 26 de novembre

Introducció a l'anàlisis de dades òmiques

  • Conceptes clau a tenir en compte en l'anàlisis de dades òmiques

Anàlisis de dades de RNAseq amb R i Bioconductor

  • Desde la taula de comptatges fins a la llista de gens diferencialment expressats

Sessió 4: 28 de novembre

Després de la selecció de gens: Anàlisis de significació biològica

  • Mètodes per a l'anàlisi de llistes de gens: ORA, GSEA, Anàlisi de xarxes.

  • Eines per a l'anàlisi de significació biològica: Gorilla, DAVID, GSEA, FGNEt, PathVisio

 

Sessió 5: 3 de desembre

Cerca de variants minoritàries.

  • El problema de la selecció de variants. Importància mèdica i dificultats que comporta.

  • Pipelines per a la identificació i anotació de variants.

  • Anàlisi de variants amb Galaxy

Objectives

L'objectiu principal d'aquests curs és proporcionar una perspectiva general dels principals recursos bioinformàtics que poden resultar d'utilitat en el dia a dia de la recerca biomèdica o la pràctica clínica. El seu enfoc és aplicat i el que es persegueix és dotar als investigadors i professionals de la biomedicina de conceptes i eines per saber quan -i com- cal fer servir cadascun d'aquests recursos, o quan és millor buscar suport més especialitzat.

L'aplicació dels conceptes i tècniques presentats al llarg del curs es durà a terme consultant bases de dades i navegadors genòmics online, però també emprant eines específiques, com Galaxy o R i Rstudio, ja instal·lades als ordinadors de l'aula.

Target group

Els curs s'adreça a investigadors -pre o post docs- i professionals de la biomedicina que desitgin aplicar la bioinformàtica en els seus estudis o que, simplement, vulguin entendre millor els estudis realitzats pels bioinformàtics que els donen suport.

Faculty

El curs està organitzat per la Unitat d'Estadística i Bioinformàtica (UEB) del Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR).

El curs serà impartit pel cap de la UEB, el Dr. Álex Sánchez, doctor en Estadística, màster en Bioinformàtica i professor titular del departament de Genètica, Microbiologia i Estadística de la Universitat de Barcelona, i per membres de la UEB, el Dr. Ricardo Gonzalo, doctor en Biologia molecular i PG en Bioestadística, i la Dra. Mireia Ferrer, doctora en Biomedicina i Màster en Bioestadística i Bioinformàtica.

Fees

L'import del curs varia segons l'afiliació i el moment del pagament. Els preus són els següents:

Pagament abans de l'12 de Novembre

  • Membres del Campus Vall Hebron (VHIR/VHIO/HUVH) 170€
  • Membres d'Esfera UAB, OPIS o entitats de l'Associació BIB 300€
  • Altres 550€

Pagament després de l'12 de Novembre

  • Membres del Campus Vall Hebron (VHIR/VHIO/HUVH) 200€
  • Membres d'Esfera UAB, OPIS o entitats de l'Associació BIB 350€
  • Altres 600€

Hi ha 30 places, que s'adjudicaran per estricte ordre d'inscripció.

Requirements

El curs es farà en un aula de informàtica, de forma que no cal que els alumnes portin ordinadors. La metodologia serà de caire teòrico-pràctic. Cada sessió es dividirà en una part d'exposició teòrica seguida o intercalada amb parts pràctiques on els alumnes treballaran en grups d'una o dues persones.

Contact

Per qualsevol dubte, podeu contactar per mail amb Ricardo Gonzalo (ricardo.gonzalo@vhir.org) o per telèfon al 934894007.