Protein-ligand Dockings. Conceptos y aplicaciones

Date:
09/07/2018 09:30 - 12/07/2018 13:30
Institution:
Servei de Genòmica i Bioinformàtica - Universitat Autònoma de Barcelona
Venue:
Universitat Autònoma de Barcelona

Abstract

En la era donde la frontera entre química y biología es cada vez menos pronunciada, las herramientas computacionales ocupan un lugar cada vez más preponderante. Unas en particular se destacan por ser aplicadas masivamente tanto por investigadores computacionales como experimentales: las llamadas técnicas de "Protein-ligand dockings". Altamente populares, la aplicación de estas técnicas no para de crecer y la comunidad científica tiene ahora a disposición un conjunto importante de herramientas para escoger. No obstante, no son pocos los retos que un usuario, incluso avanzado, puede encontrar. 

Bajo una aparente sencillez, los programas de dockings esconden fundamentos matemáticos, químicos y biofísicos substanciales y sus análisis en el marco biológico y bioquímico puede fácilmente llevar a sobrevaloraciones o, al contrario, sobrecríticas.  Sin una formación dedicada a entender los pros y los contras de los programas de "protein-ligand dockings", es fácil caer en las múltiples trampas de su uso y aplicación. En este curso, basado en una larga experiencia dedicada a este ámbito en entornos industriales y públicos, proponemos ofrecer una formación básica pero sólida a estas técnicas para que los investigadores pueden aplicar y entender todo su potencial y limitaciones.

Description / Information

Estructura del curso

Las clases son presenciales y se realizan con un ordenador por alumno. La teoría y la aplicación práctica están así estrechamente integradas y cada concepto teórico tendrá una inminente aplicación práctica en tiempo real. Se usarán para la parte práctica herramientas del dominio público y se propondrá una serie de ejemplos que puedan interesar a los alumnos en sus casos prácticos. Todos los conceptos aprendidos se aplicarán en un problema final que englobará todos los conocimientos adquiridos.

Programa

  • Interacción Proteína-ligando: sus funciones y sus bases moleculares
  • Como calcular la energía
  • Como explorar el espacio molecular (conformaciones, mutaciones y otros cambios)
  • Las grandes familias de programas de dockings
  • preparar un sistema: que hay que tener en cuenta y cómo hacerlo
  • Mi primera simulación
  • Post-análisis 

Cada alumno dispondrá de un ordenador personal para el seguimiento del curso.

Al finalizar el curso se entregará un certificado de asistencia.

Objectives

  • Familiarizarse con las bases de las técnicas de protein-ligand dockings.
  • Conocer sus pros y contras, así como superar estos últimos.
  • Aprender con tutoriales optimizados para ilustrar de manera extensa los conceptos teóricos

Target group

El curso está dirigido a estudiantes de doctorado, de máster o de final de grado que estén llevando a cabo una investigación con apoyo computacional así como a profesionales, privados o públicos, del cualquier área del vasto campo de la química biológica.

Faculty

Jaime Rodríguez-Guerra

Licenciado en Biotecnología con Máster en Bioinformática, realiza sus estudios de Doctorado en el Departamento de Química, cuyo objetivo es el desarrollo de una plataforma de software para la optimización de diseños moleculares escrita íntegramente en Python. Asimismo, se ha enfrentado a la automatización de protocolos computacionales que implica la integración de diversos programas no diseñados para trabajar de forma sincronizada.

Jean-Didier Maréchal

Profesor en Química Física de la UAB. Modelizador Molecular con más de 20 años de experiencia dedicados a la aplicación y desarrollo de métodos computacionales en biología estructural, diseño de fármacos y de enzimas y compartida entre la academia y la industria. Actualmente líder de un grupo de investigación de la UAB dedicado al desarrollo de nuevas metodologías basadas en Python para el estudio de biohíbridos de interés en química, biomedicinas y biotecnología.

Fees

325€

Los siguientes colectivos tienen un 20% de descuento.

  • Estudiantes universitarios
  • Personal docente e investigador de la UAB
  • Personal de centros adscritos a la UAB
  • Personal de la esfera UAB-CEI.

Los miembros del BIB tienen un 10% de descuento (no acumulable con el descuento anterior).

Los que se inscriban en 2 o más cursos tienen un 10% de descuento en el precio final.

Requirements

El curso preferencialmente requiere saber de las bases moleculares de los sistemas químicos y bioquímicos. No requiere de conocimientos previos ni en computación ni en programación. La primera lección práctica está dirigida a cubrir el aprendizaje básico del sistema operativo Linux sobre el cual las simulaciones se llevarán a cabo.

Contact

Gestora de cursos y proyectos de Bioinformática del Servei de Genòmica i Bioinformàtica de la UAB.

Raquel Egea

sgb.bioinformatica(ELIMINAR)@uab.cat