Curs de Bioinformàtica per a la Recerca Biomèdica

Date:
20/11/2017 11:17 - 29/11/2017 11:17
Institution:
Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR)
Venue:
Aula d'Informàtica del Mòdul Sud de la Facultat de Medicina (Pavelló Docent) de Vall d'Hebrón
Type of Event:
Course
Language:
Spanish
Registration website:
Inscripcions clicant en aquest enllaç
Website:
Web del curs
Document:
Download
Poster:
Download Poster

Summary

La recerca biomèdica moderna necessita sovint fer servir informació de diverses menes; per exemple sobre estructures, seqüències, anotacions o funcions de diferents tipus d'entitats i components biològics. Molta d'aquesta informació es troba disponible en bases de dades públiques i el domini de les eines per accedir-hi i recuperar-ne la informació necessària és una habilitat cada cop més imprescindible entre els investigadors en biomedicina.

D'altra banda les tècniques de biologia molecular moderna permeten generar, en poc temps i amb poc cost, grans quantitats de dades relacionades amb les anomenades ciències "òmiques" que els investigadors necessiten poder manegar i analitzar. Si bé algunes d'aquestes anàlisis poden ser complexes i requerir de personal especialitzat (http://ueb.vhir.org) n'hi ha d'altres que, amb els coneixements i els recursos adequats, són relativament senzilles de dur a terme.

L'objectiu principal d'aquests curs és proporcionar una perspectiva general dels principals recursos bioinformàtics que poden resultar d'utilitat en el dia a dia de la recerca biomèdica o la pràctica clínica. El seu enfoc és aplicat i el que es persegueix és dotar als investigadors i professionals de la biomedicina de conceptes i eines per saber quan -i com- cal fer servir cadascun d'aquests recursos, o quan és millor buscar suport més especialitzat.

L'aplicació dels conceptes i tècniques presentats al llarg del curs es durà a terme consultant bases de dades i navegadors genòmics online, però també emprant eines específiques, com Galaxy o R i Rstudio, ja instal·lades als ordinadors de l'aula.

Description / Information

DATES, HORARIS I LLOC DE REALITZACIÓ

  • El curs té una durada de 20 hores i consisteix en 4 sessions de cinc hores.
  • Les sessions es faran els dies 20, 22, 27 i 29 de Novembre de 2017, de 9 a 14h a l'aula d'informàtica del Mòdul Sud de la Facultat de Medicina (Pavelló Docent) de l'Hospital Universitari Vall d'Hebron (VHIR).

 

CONTINGUTS
Els continguts del curs són els següents:

  1. Introducció a la bioinformàtica:
    1. Els problemes que tracta la bioinformàtica
    2. Aplicacions de la bioinformàtica en biomedicina
  2. Bases de dades en biologia molecular
    1. Consulta en bases de dades: Cercadors i navegadors genòmics
    2. Cerca en bases de dades: BLAST, ENSEMBL, CLINVAR...
  3. Introducció a les tecnologies de seqüenciació i ultraseqüenciació (NGS)
    1. De la seqüenciació Sanger al Next Generation Sequencing
    2. Aplicacions de l'ultraseqüenciació en biologia i biomedicina
  4. Aplicacions (I): Tractament de seqüències i cerca de variants
    1. Pre-processat de seqüències i controls de qualitat
    2. Introducció a l'anàlisi de variants amb GALAXY
  5. Aplicacions (II): Anàlisi de dades d'expressió
    1. Anàlisi de dades de Microarrays
    2. Anàlisi de dades d'RNA-seq
  6. Aplicacions (III): Anotació funcional
    1. Eines d'anàlisi de significació biològica
    2. Demo d'Ingenuity Pathway Analysis (IPA)

Objectives

L'objectiu principal d'aquests curs és proporcionar una perspectiva general dels principals recursos bioinformàtics que poden resultar d'utilitat en el dia a dia de la recerca biomèdica o la pràctica clínica. El seu enfoc és aplicat i el que es persegueix és dotar als investigadors i professionals de la biomedicina de conceptes i eines per saber quan -i com- cal fer servir cadascun d'aquests recursos, o quan és millor buscar suport més especialitzat.

Target group

Els curs s'adreça a investigadors -pre o post docs- i professionals de la biomedicina que desitgin aplicar la bioinformàtica en els seus estudis o que, simplement, vulguin entendre millor els estudis realitzats pels bioinformàtics que els donen suport.

Faculty

El curs està organitzat per la Unitat d'Estadística i Bioinformàtica (UEB) del Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR).

El curs serà impartit pel cap de la UEB, el Dr. Álex Sánchez, professor titular del departament de Genètica, Microbiologia i Estadística de la Universitat de Barcelona, i per membres de la UEB, el Sr. Ferran Briansó, llicenciat en Biologia, PG en Bioestadística i Màster en Bioinformàtica, i el Dr. Ricardo Gonzalo, Dr. en Biologia molecular i PG en Bioestadística.

Fees

L'import del curs varia segons l'afiliació i el moment del pagament. Els preus són els següents:

Pagament abans de l'1 de Novembre

  • Membres del Campus Vall Hebron (VHIR/VHIO/HUVH) 170€
  • Membres d'Esfera UAB, OPIS o entitats de l'Associació BIB 300€
  • Altres 550€

Pagament després de l'1 de Novembre

  • Membres del Campus Vall Hebron (VHIR/VHIO/HUVH) 200€
  • Membres d'Esfera UAB, OPIS o entitats de l'Associació BIB 350€
  • Altres 600€

Hi ha 30 places, que s'adjudicaran per estricte ordre d'inscripció.

 

Requirements

El curs es farà en un aula de informàtica, de forma que no cal que els alumnes portin ordinadors. La metodologia serà de caire teòrico-pràctic. Cada sessió es dividirà en una part d'exposició teòrica seguida o intercalada amb parts pràctiques on els alumnes treballaran en grups d'una o dues persones.

Contact

Per qualsevol dubte, podeu contactar per mail amb Ferran Briansó (ferran.brianso(ELIMINAR)@vhir.org) o per telèfon al 934894007.